Многие лечебные свойства зопника колючего связаны с наличием в растении иридоидов, имеющих широкий спектр биологической активности и зачастую являющихся основой фармакологического действия многих лекарственных растений. Они, согласно научным исследованиям, влияют на скорость кровообразования, борясь с малокровием, и повышают свертываемость крови, останавливая кровотечение при геморрое, туберкулезе, маточные кровотечения и обильные месячные. Иридоиды способствуют повышению кровяного давления и сужению кровеносных сосудов. Им растение обязано желчегонной, противовоспалительной, спазмолитической и болеутоляющей активностью. Они же придают зопнику характерный горьковатый привкус.
Богатый витаминный состав травы зопника колючего обеспечивает ему иммунную активность.
Действие отвара зопника колючего было изучено на больных гастритом. У тех, кто страдал гиперацидным гастритом, наступило снижение кислотности желудочного сока, а у больных с секреторной недостаточностью было отмечено повышение кислотности.
В эксперименте доказано, что эфирное масло зопника колючего обладает протистоцидной активностью, а семена - противотрихомонадной. Экстракт травы зопника колючего проявляет антибактериальную и антифунгальную активность, эфирный экстракт - противоопухолевую активность.
В народной медицине отвары и настои травы зопника колючего советуют пить при различных бронхитах, пневмонии, туберкулезе легких, острых респираторных инфекциях. Их настоятельно рекомендуют употреблять при хроническом и гипоацидном гастрите, язве желудка, отеках различной этиологии и гипертонической болезни. Настои и отвары зопника колючего эффективное средство от анемии, астении, малярии и геморроя, полезны для повышения иммунитета.
Наружно настой цветков и листьев зопника колючего применяют для лечения гнойных ран.
Ванны с зопником рекомендуют принимать при ревматизме, в период обострения артрита.
Порошок корней используют в виде присыпки как ранозаживляющее средство.
Отвар семян используют для лечения трихомонадной инфекции, применяя его как внутрь, так и наружно.
